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神农架**自然保护区有真菌、地衣共926种。保护区高等植物 [8]  约254科、1008属、3084种。保护区苔藓植物约有55科、136属、245种，约占中国科数的51.88%，属数的28.33%、种数的11.67%，蕨类植物约有34科、75属、297种，约占中国科数的65.38%、属数的36.76%、种数的11.42%。种子植物科属中，裸子植物有6科、18属、30 种，占中国科数的60.00%，属数52.94%，种数12.61%，被子植物有159 科，779属，2512种，占中国科数的54.64%，属数的26.50%，种数的10.34%。
神农架**自然保护区有34种国家重点保护植物，占湖北省的54.8%，42种神农架地区特有植物，1800多种药用植物 [9]  ，如草本中药材独活、当归、**参、天麻、黄连、川芎、冬花、玄参；木本药材杜仲、厚朴、银杏、黄柏、辛夷花等。
神农架**自然保护区有脊椎动物493种，占湖北省脊椎动物总种数46.8%。其中，哺乳纲22科75种，鸟类43科308种，爬行纲7科40种，两栖纲6科23种，鱼纲47种，分别占湖北省同类总数62.0%、71.5%、69.0%、50.0%、23.4%。按照中国动物地理区划，神农架**自然保护区属东洋界、华中区、西部山地高原亚区。
通过对75种和200种繁殖鸟类的成份分析，东洋界占优势，南方和北方物种混杂，表现了过渡性特征。
神农架**自然保护区有国家重点保护**79种，占湖北省的71.8%，其中，一级保护动物5种：金丝猴、华南虎、金钱豹、白鹳、金雕；二级保护动物74种：金猫、林麝、黄喉貂、秃鹫、大灵猫、红腹锦鸡、大鲵等。